پس از مشاهده ی علائم بیماری های قارچی باید به سرعت روند درمانی اجرا و پیگیری شود چرا که بیماری قارچی یک تهدید بالقوه برای هر طوطی می باشد. Fungilin یک داروی ضد قارچی کاربردی برای درمان عفونت های قارچی طوطی ها می باشد. این دارو باید به طور مستقیم از طریق دهان داده شود و در مواردی نیز ممکن است به آب آشامیدنی اضافه شود. درمان بیماری قارچی طوطی درمان بیماری قارچی طوطی هم چنین طی درمان طوطی باید همه ی دانه ها ، سنگ ریزه و ماسه ها و میوه ها از قفس جمع گردند و قفس را با یک پاک کننده یا آب ضدعفونی نمایید و به طوطی بذرها و دانه های استریل بدهید. هم چنین استفاده از حرارت خشک از طریق بخاری نیز توصیه می گردد. توصیه های بالا به منظور محافظت طوطی یا اجتناب از آلودگی و عفونت مجدد به قارچ و از بین بردن اسپور قارچ در محیط می باشد . طوطی هایی که به عفونت قارچی مبتلا می گردند اغلب از کمبود ویتامین ها و پروتئین ها و یا مواد معدنی رنج می برند . برای تسریع در بهبود طوطی خود ضمن درمان از مکمل های غذایی ، تقویت کننده ها در کنار دانه های استریل تا ۳ هفته و ۳ بار در هفته استفاده نمایید.