مرگ جوجه در تخم عموما در ۳ روز اول جوجه کشی اتفاق می افتد که در واقع مراحل اولیه تشکیل اندام های جنینی می باشد . به طور کلی دو گروه از علل می توانند موجب مرگ و میر جوجه داخل تخم شوند : کمبود مواد غذایی داخل تخم مشکلات انکوباسیون با توجه به اینکه مشکلات انکوباسیون قابل پیش گیری و هم چنین دردساز می باشند به این مشکلات و راه حل آنها اشاره می کنیم: رطوبت زیاد اگر رطوبت تخم زیاد باشد جوجه داخل تخم خیس می شود و به نوعی در رطوبت غرق می شود . حتی اگر جوجه زنده بماند به نظر می آید که جوجه دارای بدنی متورم است و بیش از حد برای پوسته تخم بزرگ است و مشخص است که در طول دوره انکوباسیون به اندازه کافی وزن از دست نداده است . رطوبت کم اگر رطوبت تخم از حد مورد نیاز کمتر باشد موجب کوچک و پیچیده شدن بدن جوجه داخل تخم می شود و هم چنین بدن جوجه خشک می شود و به دیواره غشا می چسبد که این چسبیدن مانع چرخش جوجه در تخم می شود و در نهایت منجر به مرگ جوجه داخل تخم می شود. دمای بالا اگر جوجه زودتر از موعد از تخم خارج شود مربوط به دمای بالاست و باید دمای انکوباسیون را کاهش داد. دمای پائین اگر جوجه دیر تر از موعد از تخم خارج شود. میزان بالای کلسیم میزان بالای کلسیم موجب کلفت و سفت شدن پوسته تخم شده و جوجه توان خارج شدن را ندارد ، در نتیجه درون تخم خفه می شود.